El aumento de la comunidad de religiosas a principios del XVI da lugar a nuevas necesidades de espacio en aquellos lugares de uso común. Un ejemplo claro de estas ampliaciones es el refectorio, el comedor principal del convento. Es una nave tan alargada que se dividió en dos estancias, el refectorio o comedor propiamente dicho y un espacio previo de transición, el ​anterrefectorio​. Aquí han desaparecido los relucientes ​azulejos que como en el refectorio cubrían sus paredes: hoy se encuentran en la ​capilla de Santa María de Jesús ​ubicada en la Puerta de Jerez, capilla de la primera original ​Universidad de Sevilla, cuya portada podemos ver por contra en el compás del convento de Santa Clara.
En el recinto del refectorio propiamente dicho, junto a la gran mesa de madera de caoba antillana, destaca el ​púlpito​, desde el cual una monja leía textos sagrados en las horas de comidas. Mientras las clarisas habitaron el convento, existió la ​tradición entre las mozas que iban a contraer matrimonio de llevarles ​huevos ​frescos​, con el fin de que las monjitas rezaran para que no lloviera el día de su boda. Esa tradición ha desaparecido junto con las monjas: en 1998, el año que se cerró el convento, había solo 4 religiosas para todo este espacio.
Desde un ventanuco pueden verse lo que serían las ​cocinas donde tuvo lugar la historia de Doña María Coronel, quien huyendo del asedio de Pedro I, estuvo refugiada en este convento en el que profesó para posteriormente fundar el de Santa Inés. Al parecer la noble dama se ocultó en una zanja que había en el jardín, sobre la que las monjas pusieron unas tablas que cubrieron con un poco de tierra. La leyenda cuenta que sobre esa tierra que tapaba aquel refugio nació la hierba y brotaron las flores milagrosamente, en un momento, con lo que el rey no pudo descubrir su improvisado escondite.